Whiskyflaschen lagert man aufrecht, geschützt vor direkter Sonne und starken Temperaturschwankungen; konstante Raumtemperatur (ca. 12–20 °C) ist ideal. Hohe Luftfeuchte schützt vor Etikettenschäden, spielt aber für den Inhalt keine große Rolle. Einmal geöffnete Flaschen sollten kühl und dunkel aufbewahrt werden; bei längerer Lagerung nach dem Öffnen kann die Verwendung von Inertgas (Argon) den Oxidationsprozess verlangsamen. Für Sammler sind zudem Füllstand (Ullage) und Originalverpackung wichtig — bei älteren Flaschen ist ein HF/IN-Füllstand besser als MS/LS.