Aligoté profitiert von kühlen, konstanten Lagerbedingungen: 10–12 °C, 60–75 % Luftfeuchte, dunkel und vibrationsfrei. Flaschen liegend lagern, wenn Naturkork verwendet wird, um Austrocknung zu vermeiden. Für Spitzen- oder sammelwürdige Abfüllungen von renommierten Häusern wie Maison Louis Jadot oder Domaine A. et P. de Villaine kann eine temperierte Weinkammer oder professionelles Lager ratsam sein. Kurzfristig (wenige Jahre) reichen kühle Kellerbedingungen; langfristige Lagerung verlangt regelmäßige Kontrolle von Füllstand und Etikettzustand.